#!/bin/ksh
set -xa

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# RAP Smoke Source Preparation for partial cycle
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# The following two variable could be defined in the
# loadleveler submission script (the ecf script), if
# not they will take the default values which is set
# for the NCO running enviroment
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export RUN_ENVIR=${RUN_ENVIR:-nco}
export SENDECF=${SENDECF:-YES}

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# Specify NET and RUN Name and model
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export NET=${NET:-rap}
export RUN=${RUN:-rap_p}
export model=${model:-rap}

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# This block is for Developer's test run:
# Run config file to get input parameters
# This config file should define the following variables
# DATA_IN: Location of working directory, default to /tmpnwprd
# SENDECF: If the job is to be running using ECF, default to YES
# SENDDBN: Set to NO for developers, default to YES
# COM_IN:  Directory for input files, default to /com/$NET/${envir}
# COM_OUT: Directory for output file, default to /com/$NET/${envir}
# gespath: Directory for the guess or restart files, default to /nwges/${envir}
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if [ "$RUN_ENVIR" != nco ]      ### For Developers, "group_name" is passed from the SMS script
then
  group_name=${group_name:-meso}
  package_name=${package_name:-rap_p}
#  . /${group_name}/save/${LOGNAME}/${package_name}/nwprod/parm/${package_name}_para_config
  export userid=${userid:-$LOGNAME}
fi

export PS4='$SECONDS + '
date

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# obtain unique process id (pid) and make temp directory
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export DATA=$DATAROOT/rap_smoke_pcyc_${envir}_${cyc}
mkdir -p $DATA
cd $DATA

export cycle=t${cyc}z
export tmmark=tm00

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# SENDECF  - Flag Events on ECF
# SENDCOM  - Copy files to /com directory
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export SENDECF=${SENDECF:-YES}
export SENDCOM=${SENDCOM:-YES}
export SENDDBN=${SENDDBN:-YES}

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# Specify Execution Areas
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export HOMErap=${HOMErap:-${PACKAGEROOT}/${NET}.${rap_ver}}
export EXECrap=${EXECrap:-${HOMErap}/exec}
export FIXrap=${FIXrap:-${HOMErap}/fix}
export PARMrap=${PARMrap:-${HOMErap}/parm}
export USHrap=${USHrap:-${HOMErap}/ush}
export FIXcrtm=${FIXcrtm:-$CRTM_FIX}

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# Run setpdy and initialize PDY variables
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setpdy.sh
. ./PDY

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# Define COM directories
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export COMIN=${COMIN:-$(compath.py ${NET}/${rap_ver})/${RUN}.${PDY}}
export COMOUT=${COMOUT:-$(compath.py -o ${NET}/${rap_ver})/${RUN}.${PDY}}
export COMINsst=${COMINsst:-$(compath.py nsst/${nsst_ver}/nsst.${PDY})}

export PREPDIR=${PREPDIR:-$(compath.py obsproc/${obsproc_ver})}

#export PREPDIR2=${PREPDIR2:-$(compath.py obsproc/${obsproc_ver})}
export PREPDIR2=${PREPDIR2:-$(compath.py ${NET}/${rap_ver})}

mkdir -m 775 -p $COMOUT 

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# Define GES directories
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export gespath=${gespath:-$(compath.py ${NET}/${rap_ver})/nwges}
export RAPBC=${RAPBC:-$gespath/rapbc}
export RAPGES_FCYC=${RAPGES_FCYC:-$gespath/rapges}
export RAPGES_PCYC=${RAPGES_PCYC:-$gespath/rapges_pcyc}
export RAPGES_ENKF=${RAPGES_ENKF:-$gespath/rapges_enkf}
export RAPGES_SATBIAS=${RAPGES_SATBIAS:-$gespath/rapges_satbias}

mkdir -m 775 -p $RAPBC $RAPGES_FCYC $RAPGES_PCYC $RAPGES_SATBIAS

env

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# Define observation source directories
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export DCOM_VIIRS_NPP="$DCOMROOT/"
export DCOM_VIIRS_J01="$DCOMROOT/"
export DCOM_MODIS="$DCOMROOT/"

test -d "$DCOM_VIIRS_NPP"
test -d "$DCOM_VIIRS_J01"
test -d "$MODIS_DIR"
export VEG_TYPE_DATA="$FIXrap/smoke/SURFACE_DATA/2013_PREP"

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# Execute the script.
set -e
${RAP_SMOKESH:-$HOMErap/scripts/exrap_prep_smoke.sh}
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msg="ENDED NORMALLY."
postmsg "$msg"

export KEEPDATA=YES
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# Remove the Temporary working directory
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cd $DATAROOT
if [ ${KEEPDATA} = NO ] ; then rm -rf $DATA ; fi

date