#!/bin/bash 
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# Daily Update Bias Estimation from FNMOC Global Ensemble              
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# The following two variable could be defined in the
# loadleveler submission script (the sms script), if
# not they will take the default values which is set
# for the NCO running enviroment
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set -xa

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# Specify NET and RUN Name and model
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export NET=${NET:-naefs}
export RUN=${RUN:-fens} 

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# DATAROOT: Location of working directory, default to /lfs/f1/ops/${envir}/tmp
# SENDECF: If the job is to be running using SMS, default to YES
# SENDDBN: Set to NO for developers, default to YES
# COM_IN:  Directory for input files, default to ${COMROOT}/$NET/${envir}
# COM_OUT: Directory for output file, default to ${COMROOT}/$NET/${envir}
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export PS4='$SECONDS + '
date

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# obtain unique process id (pid) and make temp directory
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export pid=$$
export DATAROOT=${DATAROOT:-/lfs/f1/ops/${envir}/tmp}
export DATA=${DATA:-${DATAROOT:?}/${jobid}}

mkdir -p $DATA
cd $DATA

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# Determine Job Output Name on System
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export outid="LL$job"
export jobid="${outid}.o${pid}"
export pgmout="OUTPUT.${pid}"
export pgmerr=errfile

export cycle=t${cyc}z

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# File To Log Msgs
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export jlogfile=${jlogfile:-${DATA}/jlogfile.${job}.${pid}}

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# SENDCOM=YES--Copy output file to ${COMROOT}
# SENDECF=YES--Allow to talk back to SMS
# SENDDBN=YES--Alert output file to TOC, set to NO for testing
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export SENDCOM=${SENDCOM:-YES}
export SENDDBN=${SENDDBN:-YES}          # need to set to NO for testing
export SENDECF=${SENDECF:-YES}

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# RUNJOB   - Judge the Job for Regular Run or Extended 00 Cycle Run
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export RUNJOB=${RUNJOB:-REGULAR}

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# BIASAVG  - Calculate the Bias of Ensemble Average 
# BIASC00  - Calculate the Bias of Ensemble Control Test 
# BIASMEM  - Calculate the Bias of One Ensemble Member
# BIASCDAS - Calculate the Difference Between GDAS and CDAS Analysis
# BIASANL  - Calculate the Difference Between NCEP and FNMOC Analysis
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export BIASAVG=${BIASAVG:-NO}
export BIASC00=${BIASC00:-NO}
export BIASMEM=${BIASMEM:-NO}
export BIASCDAS=${BIASCDAS:-YES}
export BIASANL=${BIASANL:-YES}

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# Specify Execution Areas
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export HOMEfnmoc=${HOMEfnmoc:-${PACKAGEROOT}/naefs.${naefs_ver}}
export EXECfnmoc=${EXECfnmoc:-$HOMEfnmoc/exec}
export FIXfnmoc=${FIXfnmoc:-$HOMEfnmoc/fix}
export USHfnmoc=${USHfnmoc:-$HOMEfnmoc/ush}

export ERRSCRIPT=err_chk
export LOGSCRIPT=startmsg
export REDOUT='1>>'
export REDERR='2>'

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# Run setpdy and initialize PDY variables
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setpdy.sh
. ./PDY

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# Define COM directories
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export COM_FENS=${COM_FENS:-$(compath.py $envir/$NET/${naefs_ver})}
export COMINbias=${COMINbias:-$(compath.py $envir/$NET/${naefs_ver})}
export COMINgefs=${COMINgefs:-$(compath.py ${envir}/com/gefs/${gefs_ver})}

export COMINnavgem=${COMINnavgem:-${DCOMROOT}/navgem}
export COMINcfs=${COMINcfs:-$(compath.py ${envir}/com/cfs/${cfs_ver})}

export COM_OUT=${COM_OUT:-$(compath.py -o $NET/${naefs_ver})}
export COMOUT=$COM_OUT/${RUN}.${PDY}/${cyc}/pgrb2ap5
export COMOUTNCEP_M1=$COM_OUT/gefs.${PDYm1}/${cyc}/pgrb2ap5
export COMOUT_M1=$COM_OUT/${RUN}.${PDYm1}/${cyc}/pgrb2ap5

mkdir -m 775 -p $COMOUT
mkdir -m 775 -p $COMOUT_M1
mkdir -m 775 -p $COMOUTNCEP_M1

msg="HAS BEGUN on `hostname`"
postmsg "$jlogfile" "$msg"

env

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# Execute the script
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$HOMEfnmoc/scripts/exnaefs_fnmoc_ens_bias.sh

cat $pgmout.000.anl
cat $pgmout.000.mdf

msg="JOB COMPLETED NORMALLY"
postmsg "$jlogfile" "$msg"

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# Remove the Temporary working directory
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if [ $KEEPDATA != YES ]; then
  cd $DATAROOT
  rm -rf $DATA
fi

date