#!/bin/sh 
# #### 05/05/99 ###############################
# Daily Update Bias Estimation of CMC Ensemble              
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# The following two variable could be defined in the
# loadleveler submission script (the sms script), if
# not they will take the default values which is set
# for the NCO running enviroment
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set -xa

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# Specify NET and RUN Name and model
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export NET=${NET:-naefs}
export RUN=${RUN:-cmce}

export PS4='$SECONDS + '
date

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# obtain unique process id (pid) and make temp directory
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export pid=$$
export DATAROOT=${DATAROOT:-/lfs/f1/ops/${envir}/tmp}
export DATA=${DATA:-${DATAROOT:?}/${jobid}}

mkdir -p $DATA
cd $DATA

export cycle=t${cyc}z

# JY module load grib_util
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# File To Log Msgs
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export jlogfile=${jlogfile:-${DATA}/jlogfile.${job}.${pid}}

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# Determine Job Output Name on System
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export outid="LL$job"
export jobid="${outid}.o${pid}"
export pgmout="OUTPUT.${pid}"
export pgmerr=errfile

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# SENDCOM  - Copy Files From TMPDIR to $COMOUT
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export SENDCOM=${SENDCOM:-YES}
export SENDECF=${SENDECF:-YES}

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# Specify Execution Areas
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export HOMEcmce=${HOMEcmce:-${PACKAGEROOT}/naefs.${naefs_ver}}
export EXECcmce=${EXECcmce:-$HOMEcmce/exec}
export FIXcmce=${FIXcmce:-$HOMEcmce/fix}
export USHcmce=${USHcmce:-$HOMEcmce/ush}

export ERRSCRIPT=err_chk
export LOGSCRIPT=startmsg
export REDOUT='1>>'
export REDERR='2>'

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# Run setpdy and initialize PDY variables
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setpdy.sh
. ./PDY

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# BIASMEM  - Calculate the Bias of One Ensemble Member
# BIASCDAS - Calculate the Difference Between GDAS and CDAS Analysis
# BIASAVG  - Calculate the Bias of Ensemble Average
# BIASC00  - Calculate the Bias of Ensemble Control Test
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export BIASMEM=NO 
export BIASCDAS=YES
export BIASAVG=NO 
export BIASC00=NO 

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# Define COM directories
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export COMINbias=${COMINbias:-$(compath.py $envir/$NET/${naefs_ver})}
export COM_CMC=${COM_CMC:-$(compath.py $envir/$NET/${naefs_ver})}
export COMINcfs=${COMINcfs:-$(compath.py ${envir}/com/cfs/${cfs_ver})}

export COM_OUT=${COM_OUT:-$(compath.py -o $NET/${naefs_ver})}
export COMOUT_M1=$COM_OUT/${RUN}.${PDYm1}/${cyc}/pgrb2ap5
export COMOUT_M2=$COM_OUT/${RUN}.${PDYm2}/${cyc}/pgrb2ap5

mkdir -m 775 -p ${COMOUT_M1}
mkdir -m 775 -p ${COMOUT_M2}

msg="HAS BEGUN on `hostname`"
postmsg "$jlogfile" "$msg"

env

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# Execute the script
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$HOMEcmce/scripts/exnaefs_cmc_ens_bias.sh

cat $pgmout.*
msg="JOB COMPLETED NORMALLY"
postmsg "$jlogfile" "$msg"

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# Remove the Temporary working directory
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if [ $KEEPDATA != YES ]; then
  cd $DATAROOT
  rm -rf $DATA
fi

date