#!/bin/bash
set -x

export RUN_ENVIR=${RUN_ENVIR:-"nco"}
export PS4='$SECONDS + '
date


#############################
# Source relevant config files
#############################
export EXPDIR=${EXPDIR:-$HOMEgfs/parm/config}
configs="base anal echgres"
config_path=${EXPDIR:-$NWROOT/gfs.${gfs_ver}/parm/config}
for config in $configs; do
    . $config_path/config.$config
    status=$?
    [[ $status -ne 0 ]] && exit $status
done


##########################################
# Source machine runtime environment
##########################################
. $HOMEgfs/env/${machine}.env anal
status=$?
[[ $status -ne 0 ]] && exit $status


##############################################
# Obtain unique process id (pid) and make temp directory
##############################################
export pid=${pid:-$$}
export outid=${outid:-"LL$job"}

export DATA=${DATA:-${DATAROOT}/${jobid:?}}
mkdir -p $DATA
cd $DATA


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# Run setpdy and initialize PDY variables
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export cycle="t${cyc}z"
setpdy.sh
. ./PDY


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# Determine Job Output Name on System
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export pgmout="OUTPUT.${pid}"
export pgmerr=errfile


##############################################
# Set variables used in the script
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export CDATE=${CDATE:-${PDY}${cyc}}
export CDUMP=${CDUMP:-${RUN:-"gfs"}}
export COMPONENT=${COMPONENT:-atmos}
export DO_CALC_ANALYSIS=${DO_CALC_ANALYSIS:-"YES"}


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# Begin JOB SPECIFIC work
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GDATE=$($NDATE -$assim_freq $CDATE)
gPDY=$(echo $GDATE | cut -c1-8)
gcyc=$(echo $GDATE | cut -c9-10)
GDUMP=${GDUMP:-"gdas"}

export OPREFIX="${CDUMP}.t${cyc}z."
export GPREFIX="${GDUMP}.t${gcyc}z."
export APREFIX="${CDUMP}.t${cyc}z."
export GSUFFIX=${GSUFFIX:-$SUFFIX}
export ASUFFIX=${ASUFFIX:-$SUFFIX}


if [ $RUN_ENVIR = "nco" -o ${ROTDIR_DUMP:-NO} = "YES" ]; then
    export COMIN=${COMIN:-$ROTDIR/$RUN.$PDY/$cyc/$COMPONENT}
    export COMOUT=${COMOUT:-$ROTDIR/$RUN.$PDY/$cyc/$COMPONENT}
    export COMOUT_ENS=${COMOUT_ENS:-$ROTDIR/enkfgdas.$PDY/$cyc/$COMPONENT}
    export COMIN_OBS=${COMIN_OBS:-$(compath.py ${envir}/obsproc/${obsproc_ver})/$RUN.$PDY/$cyc/$COMPONENT}
    export COMIN_GES_OBS=${COMIN_GES_OBS:-$(compath.py ${envir}/obsproc/${obsproc_ver})/$GDUMP.$gPDY/$gcyc/$COMPONENT}
else
    export COMOUT="$ROTDIR/$CDUMP.$PDY/$cyc/$COMPONENT"
    export COMOUT_ENS="$ROTDIR/enkfgdas.$PDY/$cyc/$COMPONENT"
    export COMIN_OBS="$DMPDIR/$CDUMP.$PDY/$cyc/$COMPONENT"
    export COMIN_GES_OBS="$DMPDIR/$GDUMP.$gPDY/$gcyc/$COMPONENT"
fi
mkdir -m 775 -p $COMOUT
# COMIN_GES and COMIN_GES_ENS are used in script
export COMIN_GES="$ROTDIR/$GDUMP.$gPDY/$gcyc/$COMPONENT"
export COMIN_GES_ENS="$ROTDIR/enkfgdas.$gPDY/$gcyc/$COMPONENT"

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# Run relevant script
env
echo "HAS BEGUN on $(hostname)"
$LOGSCRIPT


${CHGRESFCSTSH:-$SCRgfs/exgdas_atmos_chgres_forenkf.sh}
status=$?
[[ $status -ne 0 ]] && exit $status


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# End JOB SPECIFIC work
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##############################################
# Final processing
##############################################
if [ -e "$pgmout" ] ; then
  cat $pgmout
fi


echo "ENDED NORMALLY."


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# Remove the Temporary working directory
##########################################
cd $DATAROOT
[[ $KEEPDATA = "NO" ]] && rm -rf $DATA

date
exit 0