#!/bin/sh
#
# PREP step:
#   gets input files like bufr, sst, snow
#
set -xa

export RUN_ENVIR=${RUN_ENVIR:-nco}
export job=${job:-CDAS2_V1_PREP}

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# obtain unique process id (pid) and make temp directory
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export pid=$$
export DATA=${DATA:-$DATAROOT/${jobid}}
mkdir -p $DATA
cd $DATA
if [ "$?" -ne 0 ] ; then
   echo "$DATA not available"
   exit 8
fi
export cycle=t${cyc}z

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# Specify NET Name and model
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export NET=${NET:-cdas2}
export RUN=${RUN:-cdas2}
export model=${model:-cdas2}
export version=${version:-${cdas2_ver}}

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# Determine Job Output Name on System
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export pgmout="OUTPUT.$$"
touch $DATA/$pgmout

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# SENDDBN  - Issue DBNet Client Calls
# SENDCOM  - Copy files to /com directory
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export SENDDBN=${SENDDBN:-YES}
export SENDCOM=${SENDCOM:-YES}
export CHGRP_RSTPROD=${CHGRP_RSTPROD:-YES}

####################################
# Specify Execution Areas
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export HOMEcdas2=${HOMEcdas2:-$PACKAGEROOT/$model.$version}
export EXECcdas2=${EXECcdas2:-$HOMEcdas2/exec}
export FIXcdas2=${FIXcdas2:-$HOMEcdas2/fix}
export PARMcdas2=${PARMcdas2:-$HOMEcdas2/parm}
export USHcdas2=${USHcdas2:-$HOMEcdas2/ush}

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# Run setpdy and initialize PDY variables
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if [ "$RUN_ENVIR" != nco ] ; then
   echo "before PDY = $PDY"
   setpdy.sh
   . ./PDY
   echo "after PDY = $PDY cycle=$cycle"
else
   setpdy.sh
   . ./PDY

   # CDAS2 in 1-day lag
   export PDY=$PDYm1
   setpdy.sh
   . ./PDY
fi

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# Define COM directories
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export COMCDAS2=${COMCDAS2:-$(compath.py ${envir}/${NET}/${cdas2_ver})}
export COMcdas2=$COMCDAS2/${RUN}.${PDY}
#export COMarkv=$COMCDAS2/${RUN}.`echo $PDY | cut -c1-6`
export COMarkv=$COMCDAS2

export COMobsproc=${COMobsproc:-$(compath.py ${envir}/obsproc/${obsproc_ver})}

mkdir -m 775 -p $COMcdas2

# location of processed pentad precip 
export COMPCP=$COMCDAS2/pentad

# location of dcom for afwa snow
export DCOM_SNOW=${DCOM_SNOW:-$DCOMROOT}

# location of SST
export COM_SST=${COM_SST:-$(compath.py ${envir}/nsst/${nsst_ver}/nsst)}

# location of sea ice
export COM_SICE=${COM_SICE:-$(compath.py ${envir}/seaice_analysis/${seaice_analysis_ver})/seaice_analysis}

# Maximum days allowed for the pentad data to be missing
export max_nopentad=7

env

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# execute the script
$HOMEcdas2/scripts/excdas2_v1_prep.sh
err=$?

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# msg end of job and clean up temperary directory
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cat $pgmout
msg="ENDED NORMALLY."
[ $err -ne 0 ] && msg="ENDED ABNORMALLY."
postmsg "$msg"
date

cd $DATAROOT
if [ "${KEEPDATA:-NO}" != "YES" ] ; then rm -rf $DATA ; fi
exit $err