#!/bin/sh 
set -xa
export MP_IOAGENT_CNT=all
export MP_IO_BUFFER_SIZE=8M

##########################################################################
# Runs NEMS GFS AEROSOL COMPONENT (NGAC) initialization                  #
# Author: Sarah Lu ; Dec 05 2011                                         #
#                                                                        #
# REVISION HISTORY:                                                      #
# 13Jan2012 Sarah Lu    Add cold start option                            #
# 19Jan2012 Sarah Lu    Modify err_check and remove file copy            #
# 29Mar2012 Sarah Lu    Add ngac_para_config                             #
# 15Jun2012 Sarah Lu    Streamline the code to comply the NCO guideline  #
##########################################################################

#
# Specify whether the run is production or development
#
export RUN_ENVIR=${RUN_ENVIR:-prod}
#

################################################################
# Specify NET and RUN Name and model
################################################################
export NET=${NET:-ngac}
export RUN=${RUN:-ngac}

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# Run config file to get input parameters for the developers
################################################################
if [ $RUN_ENVIR != prod ]                     ### For Developers
then

  . ${PARA_CONFIG:-/global/save/wx23lu/NGAC/nwprod_2jif/parm/ngac_para_config}

fi

################################################################
# This block can be modified for different test environment              
################################################################
if [ $RUN_ENVIR = prod -a $envir != prod ]; then
  export SENDDBN=${SENDDBN:-NO}
  export jlogfile=${jlogfile:-/com/logs/${envir}/jlogfile}
  export utilexec=${utilexec:-/nw${envir}/util/exec}
  export DBNROOT=/nwprod/spa_util/fakedbn
else
#  export LOGDIR=${DATA_IN}/logs
  export LOGDIR=/com/logs
  mkdir -m 775 -p $LOGDIR
  export jlogfile=${jlogfile:-${LOGDIR}/jlogfile}
fi

if [[ $RUN_ENVIR = prod || ${DEV_SMS:-YES} = YES ]] ; then     
   $SMSBIN/smsinit $LOADL_STEP_ID
fi

#

################################################################
# set up job name and environment
################################################################
export job=${job:-$RUN}
export envir=${envir:-prod}
export host=${host:-`hostname | cut -c1`}

################################################################
# SETUP NGAC PROCESSING VARIABLES
################################################################
export PS4='$SECONDS + '
date

################################################################
# obtain unique process id (pid) and make temp directory
################################################################
export pid=${pid:-$$}
export DATA_IN=${DATA_IN:-/tmpnwprd}
export DATA=${DATA:-$DATA_IN/${job}.${pid}}
mkdir -p $DATA
cd $DATA

####################################
# Specify NGAC version number
####################################
export NGAC_VERSION=${NGAC_VERSION:-${model_ver}}

################################################################
# Specify Execution Areas
################################################################
export HOMEngac=${HOMEngac:-/nw${envir}/ngac.${NGAC_VERSION}}
export EXECngac=${EXECngac:-$HOMEngac/exec}
export FIXngac=${FIXngac:-$HOMEngac/fix}
export USHngac=${USHngac:-$HOMEngac/ush}
export PARMngac=${PARMngac:-$HOMEngac/parm}
export SCRIPTDIR=${SCRIPTDIR:-$HOMEngac/scripts}

export HOMEGLOBAL=${HOMEGLOBAL:-/nw${envir}}
export EXECGLOBAL=${EXECGLOBAL:-$HOMEGLOBAL/exec}
export FIXGLOBAL=${FIXGLOBAL:-$HOMEGLOBAL/fix}
export USHGLOBAL=${USHGLOBAL:-$HOMEGLOBAL/ush}
export PARMGLOBAL=${PARMGLOBAL:-$HOMEGLOBAL/parm}

################################################################
# Specify CONFIG_FILE
################################################################
export CONFIG_FILE=${CONFIG_FILE:-$PARMngac/ngac_config}
[[ $(dirname $CONFIG_FILE) = . ]]&&CONFIG_FILE=$(pwd)/$CONFIG_FILE
if [[ ! -r $CONFIG_FILE ]];then
  echo $0: inaccessible configuration file $CONFIG_FILE >&2
  err_exit
fi


################################################################
# Determine Job Output Name on System
################################################################
export cyc=${cyc:-00}
export outid="LL$job"
export jobid="${outid}.o${pid}"
export pgmout="OUTPUT.${pid}"
export pgmerr=errfile
export cycle=t${cyc}z


################################################################
# SAVEGES  - Copy Files From TMPDIR to $GESdir
# SENDSMS  - Flag Events on SMS
# SENDCOM  - Copy Files From TMPDIR to $COMOUT
# SENDDBN  - Issue DBNet Client Calls
# RERUN    - Rerun prep from beginning (default no)
# VERBOSE  - Specify Verbose Output 
################################################################
export SAVEGES=${SAVEGES:-YES}
export SENDSMS=${SENDSMS:-YES}
export SENDCOM=${SENDCOM:-YES}
export SENDDBN=${SENDDBN:-YES}
export RERUN=${RERUN:-NO}
export VERBOSE=${VERBOSE:-YES}

################################################################
# Set up the UTILITIES
################################################################
export utilscript=${utilscript:-/nwprod/util/ush}
export utilexec=${utilexec:-/nwprod/util/exec}

export err_chk=${err_chk:-$utilscript/err_chk.sh}
export startmsg=${startmsg:-$utilscript/startmsg.sh}
export ERRSCRIPT=${ERRSCRIPT:-$err_chk}
export LOGSCRIPT=${LOGSCRIPT:-$startmsg}

################################################################
# Run setup to initialize working directory and utility scripts
################################################################
sh $utilscript/setup.sh
# export PDY=20120624
################################################################
# Run setpdy and initialize PDY variables
################################################################
sh $utilscript/setpdy.sh
. PDY

export CDATE=${CDATE:-${PDY}$cyc}

################################################################
# Get the variables setup from config script
################################################################
set -a; . $CONFIG_FILE; set +a

env

export MP_SHARED_MEMORY=${MP_SHARED_MEMORY:-no}
#
################################################################
# Define COM and GES directories
################################################################
export COM_IN=${COM_IN:-/com/${NET}/${envir}}
export COM_OUT=${COM_OUT:-/com/${NET}/${envir}}
export gespath=${gespath:-/nwges/${envir}}

export COMIN=${COMIN:-$COM_IN/${RUN}.${PDY}}
export COMOUT=${COMOUT:-$COM_OUT/${RUN}.${PDY}}
export GESdir=${GESdir:-$gespath/${RUN}.${PDY}}

mkdir -m 775 -p $COMOUT
mkdir -m 775 -p $GESdir


##### ------------- prep job starts here --------------------------------
msg="NGAC_PREP HAS BEGUN on`hostname`"
$DATA/postmsg "$jlogfile" "$msg"

################################################################
# Define Output File Names
################################################################
## Note: Output files from prep are input files for fcst
export GRDI=${GRDI:-$GESdir/${RUN}.${cycle}.gfsanl}
export SFCI=${SFCI:-$GESdir/${RUN}.${cycle}.sfcanl}


################################################################
# Check Upstream Dependency: NGAC forecasts
################################################################

### NGAC forecasts are needed for warm start runs
if [ ${COLD_START:-NO} = NO ] ; then
 ndays_max=${ndays_max:-5}         ## max time window for guess file
 ndays=1
 found=0
 while [[ $ndays -le $ndays_max ]]; do
  nhours=`expr $ndays \* 24`
  ymdh=`$ndate -$nhours $CDATE`
  ymd=`echo $ymdh | cut -c1-8`
  export SIG_TEMP=$COM_OUT/${RUN}.${ymd}/${RUN}.${cycle}.sigf${nhours}
  export SFC_TEMP=$COM_OUT/${RUN}.${ymd}/${RUN}.${cycle}.sfcf${nhours}
  if eval test -f $SFC_TEMP -a -f $SIG_TEMP
    then
      export SIG_NGAC=$SIG_TEMP
      export SFC_NGAC=$SFC_TEMP
      found=1                   ## sig/sfc files found
      break                     ## break the while-loop
  fi 
  ndays=`expr $ndays + 1`
 done
 
 if [ $found -ne 1 ]; then
   msg="NGAC Prep Cannot Start/Guess Fields Not Available"
   postmsg "$jlogfile" "$msg"
   export pgm=JNGAC_PREP
   export err=1; err_chk
 else
   msg="NGAC Prep Guess Fields Found"
   postmsg "$jlogfile" "$msg"
 fi
fi

################################################################
# Check Upstream Dependency: High-Resol GDAS analyses
################################################################

### High-Resol GDAS analyses are needed for cold start or replay run
if [ ${COLD_START:-NO} = YES -o ${DO_REPLAY:-YES} = YES ] ; then
 if [ ${RETRO:-NO} = YES ]; then   
   msg="This is a retro run"
   postmsg "$jlogfile" "$msg"
   if [ $CDUMP=gfs -o $CDUMP=gdas ]; then
     export SIG_GDAS=/global/shared/dump/${CDATE}/$CDUMP/siganl.$CDUMP.$CDATE
     export SFC_GDAS=/global/shared/dump/${CDATE}/$CDUMP/sfcanl.$CDUMP.$CDATE
   else
     msg="NGAC Prep Cannot Start/CDUMP Option Not Supported"
     postmsg "$jlogfile" "$msg"
     export pgm=JNGAC_PREP
     export err=1; err_chk
   fi
 else
   msg="This is a real-time run"
   postmsg "$jlogfile" "$msg"
   if [ $CDUMP = gfs ]; then
     export SIG_GDAS=$COMDIR/$CDUMP.${PDY}/gfs.t00z.sanl
     export SFC_GDAS=$COMDIR/$CDUMP.${PDY}/gfs.t00z.sfcanl
   elif [ $CDUMP  = gdas ]; then
     export SIG_GDAS=$COMDIR/$CDUMP.${PDY}/gdas1.t00z.sanl
     export SFC_GDAS=$COMDIR/$CDUMP.${PDY}/gdas1.t00z.sfcanl
   else
     msg="NGAC Prep Cannot Start/CDUMP Option Not Supported"
     postmsg "$jlogfile" "$msg"
     export pgm=JNGAC_PREP
     export err=1; err_chk
   fi
 fi

 if eval test -f $SFC_GDAS -a -f $SIG_GDAS
    then
      msg="GDAS Analysis Fields Found"
      postmsg "$jlogfile" "$msg"
 else
      msg="NGAC Prep Cannot Start/GDAS Analyses Not Available"
      postmsg "$jlogfile" "$msg"
      export pgm=JNGAC_PREP
      export err=1; err_chk
 fi

fi

################################################################
# Execute the script
################################################################

msg="Submit NGAC Prep Job"
postmsg "$jlogfile" "$msg"
export PREP_SCRIPT_DIR=${PREP_SCRIPT_DIR:-$SCRIPTDIR}
export PREP_SCRIPT=${PREP_SCRIPT:-$PREP_SCRIPT_DIR/exngac_prep.sh.sms}
$PREP_SCRIPT

##### ------------- prep job ends here --------------------------------

###################################################
# msg end of job and clean up temperary directory
###################################################
msg="ENDED NORMALLY."
postmsg "$jlogfile" "$msg"

cd $DATA_IN
if [ ${RM_TMPDIR:-YES} = YES ] ; then rm -rf $DATA ; fi

date

if [[ $RUN_ENVIR = prod || ${DEV_SMS:-YES} = YES ]] ; then $SMSBIN/endt ; fi